Op 2 augustus 1572 werd in Delft een keur afgekondigd, waarin stond vermeld dat de Nieuwe Kerk in het vervolg voor de "Gereformeerde Religie" zou worden bestemd. Hoewel slechts een minderheid van de bewoners was aangesloten bij de jonge calvinistische gemeente, wist zij dankzij de steun van een aantal fanatieke watergeuzen haar wil op te leggen aan het stadsbestuur. Op het platteland rond Delft was de situatie in die woelige periode niet veel anders. Gesteund door de gewestelijke en de lokale overheden mochten de "ghereformeerden" de bestaande kerken inrichten voor hun eredienst.

Uit een Haarlems handschrift met betrekking tot het geslacht Van der Burch blijkt dat "de seer constelyck beschreven glasen" (gebrandschilderde ramen) van de kerk van 't Woudt "ten deele syn uytgesmeten ten tyde (dat) het Crychsvolck van den Grave van der Marck aldaer was leggende". Hier wordt dus gedoeld op de geuzen, die onder leiding van de wrede hoofdman Lumey in de jaren 1572-'74 behoorlijk hebben huisgehouden in deze omgeving. In de ramen van de Woudtse kerk stond "de Historye vant lyden ende sterven" van Christus afgebeeld. Dergelijke voorstellingen pasten niet bij de sobere opvattingen van de nieuwe kerkleer.

In tegenstelling tot de kerk van Schipluiden kreeg 't Woudt niet direct een eigen protestantse voorganger. De gemeente was hiervoor aanvankelijk nog te klein, zodat de dienst eerst nog enige jaren werd waargenomen door predikanten uit Delft. Op 2 november 1587 lieten "eenighe buyren van het Woudt" de classis van Delft weten dat zij "seer gherne versien waren van eenen ghetrouwen ende gestadighen dienaer".

Enkele maanden later werd Johannes Martini de eerste predikant van 't Woudt. De opbouw van de jonge gemeente ging erg moeizaam, omdat het aantal lidmaten lange tijd heel klein is gebleven. In 1591 telde de kerk slechts 11 "ledematen". Er was toen ook maar één ouderling en één diaken. In 1623 bedroeg het aantal lidmaten 47, dat later weer terugliep tot 30. Pas in de tweede helft van de 18e eeuw werd het getal 50 gepasseerd. Gelukkig behoefden deze personen niet het inkomen van de predikant bijeen te brengen. Omdat de pastoriegoederen na de Reformatie in het Geestelijk Kantoor van Delft waren opgenomen, kregen de predikanten tot de Franse tijd van deze staatsinstelling hun traktement. Dit was in 1590 een bedrag van 300 pond, terwijl de inkomsten uit het pastoriebezit toen nog geen 140 pond bedroegen. Dankzij de aanvullende overheidssteun heeft de hervormde gemeente 't Woudt altijd een eigen predikant kunnen behouden. De ontvangsten uit het kerkelijk bezit en de bijdragen van de lidmaten waren toereikend voor het onderhoud van het kerkgebouwen en de koster/schoolmeester. Wanneer extra uitgaven noodzakelijk werden, kwam de gemeente in financiële problemen. Uit een rekeningenboek van de kerkvoogdij kan men opmaken dat er in 1639 een brand is geweest in de toren van de kerk. Het herstel werd over een reeks van jaren verspreid, zodat de kosten niet ineens voldaan behoefden te worden. Een inzamelingsactie "tot opbouwinge van de thooren" bracht in 1642 f 252,-- op. Daar tegenover stonden uitgaven als f 700,-- voor twee timmerlieden, f 128,-- voor de uurwerkmaker en ruim f 114,-- voor de tinnegieter.

In de 18e eeuw wordt in verschillende bronnen gesproken over "het Rijcke Woudt". Uit het lofdichtje onder de gravure van Anna C. Brouwer (1793) kan men opmaken waarom dit dorp zo bijzonder was. Het vers duidt zowel op het winstgevende boterbedrijf in die tijd als op het voorrecht dat de Woudtse "mansledematen" nog steeds hun eigen voorganger mochten kiezen, zonder dat daar toestemming van een ambachtsheer voor nodig was. Ook de keuze van de schoolmeester werd door alle mannelijke lidmaten gezamenlijk gedaan. Bij een vacature organiseerde men in de kerk speciale hoorzittingen, waarin de kandidaten proeven van hun bekwaamheid moesten afleggen. Hierna volgden de stemming en de aanstelling. Dorpsbeschrijver Van Ollefen zegt aan het eind van de 18e eeuw over het Woudtse kerkgebouw: "Zij is niet groot, en geheel zonder pijlaaren gebouwd; de Predikstoel staat midden in de Kerk tegen den muur (toen nog de zuidmuur); het ruim is met goede en geregelde zitplaatsen en gestoelten bezet, alle welken, door de kleinte der Kerk, goede gehoorplaatsen zijn." Het koor was in die tijd met een houten hekje afgesloten. In de koorronding bevond zich een kerkenraadskamer, afgescheiden van de rest van deze ruimte.

In de Franse tijd (1795-1813) kwam er een einde aan de bevoorrechte positie van de Nederlands Hervormde Kerk. Net zoals in andere plaatsen eisten toen ook hier de katholieken het bezit op van het middeleeuwse kerkgebouw. Ze voerden daarvoor historische rechten aan en benadrukten dat het aantal zielen van hun gemeenschap (118) groter was dan dat van de hervormde gemeente (105). De kwestie liep zo hoog op, dat een bemiddelaar voorstelde een muur tussen het koor en het schip van de kerk te metselen, waarna de katholieken het gebruik van het koor zouden krijgen. De hervormden keurden deze oplossing scherp af, omdat juist in het koor hun meeste eigen graven lagen. Hoewel de hervormde gemeente vanwege het onderhoud van kerk en pastorie een schuld bezat van bijna f 8000,--, mocht zij uiteindelijk toch het kerkgebouw behouden. De katholieken van 't Woudt en omgeving bleven daardoor aangewezen op een kerkje onder Hodenpijl, een ambachtje tussen 't Woudt en Schipluiden. Pas in 1917 kregen zij een eigen kerkgebouw in Den Hoorn, niet ver van de plaats waar tot 1573 de O.L. Vrouwekapel had gestaan.

Uit de rekeningenboeken blijkt dat de Woudtse kerk in de 19e eeuw steeds meer onderhoud ging vragen. In 1805 werd bijvoorbeeld een rekening betaald voor "het schoone" (het schoonmaken) van de binten in de toren en van het dak. In datzelfde jaar liet men ook het houtwerk van de "voormaalige biegtkamer" (de kerkenraadskamer in het koor?) afbreken. Regelmatig moesten er nieuwe leien worden aangebracht; losse stenen werden verwijderd en vervangen. Na de afbraak van het koor (in 1831) kwam er in de zuidoosthoek van de kerk een houten consistorie. In 1855/56 bouwde meestertimmerman Jan Bijl uit Den Hoorn een nieuwe pastorie ten oosten van de bestaande predikantswoning. Het oude huis werd daarna gesloopt. Achter de begraafplaats is hiervan in de slootkant nog het muurwerk te zien. De hervormde gemeente 't Woudt telde in die tijd 180 zielen, waaronder 80 lidmaten.

Na 1900 verplaatste het zwaartepunt van de gemeente zich naar Den Hoorn, een woonkern die door de opkomst van de tuinbouw sterk begon uit te groeien. In 1950/51 werd daar het gebouw van de 3-klassige christelijke school verbouwd tot kerkzaal. In die periode waren er inmiddels 197 lidmaten (101 vrouwen en 96 mannen). Tot in de jaren '70 vonden de morgendiensten beurtelings plaats in 't Woudt en in Den Hoorn. Tijdens de restauratie van de Woudtse kerk (1957-1959) werd er elke zondag in het tuindersdorp gekerkt. Het gebouw in Den Hoorn wordt nu nog voor de avonddiensten gebruikt, bovendien heeft het verenigingsleven hier een vast onderkomen.

Uit de notulen van de kerkvoogdij kan men opmaken dat de eerste plannen voor de restauratie in 1952 werden ontwikkeld. Het metselwerk van de kerk en vooral van de toren verkeerde in een zeer slechte staat. Architect E.A. Canneman van Monumentenzorg schatte de kosten voor een algeheel herstel aanvankelijk op f 120.000,--. Het architectenbureau L. v.d. Kloot Meijburg te Scheveningen maakte in 1956 het bestek en de voorwaarden, waarbij de kosten op f 193.000,-- werden beraamd. De firma D. Huurman uit Delft kreeg de restauratieopdracht. Vanwege verschillende bijkomende kosten bedroeg het eindbedrag bijna f 300.000,--, waarvan de kerkelijke gemeente slechts 10 procent behoefde te voldoen. De rest werd gesubsidieerd door het rijk (65 procent), de provincie (15 procent) en de burgerlijke gemeente (10 procent). Dankzij deze restauratie beschikt hervormd 't Woudt over een juweel van een kerkgebouw.